Город Альтомар является столицей водного пространства. В этом городе существует легенда о двух уникальных покемонах. Сюжет аниме рассказывает об очередном путешествии Эша Кетчама и его покемона Пикачу. Они прибывают в Альтомар, где случайно встречают двух загадочных покемонов — Ратиасу и Ратиосу. Эти покемоны являются братом и сестрой, они тесно связаны между собой и могут разделять эмоции друг друга без слов.
Известные охотники на покемонов, сёстры Заннаа и Рион, узнают о существовании Ратиасу и Ратиосу. Они решают поймать этих покемонов. В ходе попытки поимки злодеи вовлекают в происходящее Эша и его друзей. Эшу и Пикачу предстоит противостоять охотникам.
Таинственные покемоны Ратиасу и Ратиосу хранят секрет "Капли души". Этот артефакт способен затопить город Альтомар. Также в сюжете присутствует покемон Деоксис, который нападает на город. Развитие событий связано с противостоянием охотникам и раскрытием тайны "Капли души".